Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 4

Warianty wykryte na głębokości większej niż 100 × były bardziej prawdopodobne, że zostaną zatwierdzone. Warianty wykryte na głębokości mniejszej niż 60x (różowa zacieniona powierzchnia) były mniej prawdopodobne, aby zostały zatwierdzone niż te wykryte na głębokości większej niż 60x. Dotyczyło to zwłaszcza wariantów mozaiki. Panel C pokazuje proporcje wariantów mozaiki wykrytych przez sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), która była podobna do tej wykrywanej przez subklonowanie. Gdy zastosowano sekwencjonowanie Sanger, warianty mozaikowe o częstotliwościach alleli poniżej 17% (u uczestników DC-4601, DC-4401, DC-401 i DC-5103, z których wszyscy mieli zespół podwójnej kory mózgowej) nie zostały wykryte, i mutacje obecne na wysokich częstotliwościach alleli (około 35% w uczestniku PH-16001, który miał okołokomorową heterotopię guzkową, i około 23% w uczestniku PAC-902, który miał pachygyrię) przypominały mutacje w linii germinalnej. Wariant mozaikowy uczestnika DC-2101 został pominięty w początkowej analizie i został wykryty jako mały pik tylko przy bezpośrednim badaniu chromatogramu Sanger. Dzięki zastosowaniu ukierunkowanego sekwencjonowania nowej generacji udało się z powodzeniem zidentyfikować wszystkie warianty w próbkach kontroli pozytywnej i wykryć mutacje somatyczne o częstotliwościach alleli 1% lub wyższych, gdy głębokość odczytu wynosiła co najmniej 1000 × (rys. S3 w Dodatku Dodatek). Przy średniej głębokości wynoszącej w przybliżeniu 300 x (64% pokrycia,> 200 x), zidentyfikowano średnią (. SD) 368 . 153 pojedynczych nukleotydów i warianty indel na próbkę. Po odfiltrowaniu i wykluczeniu powszechnych i synonimicznych wariantów, u 50 osób wykryto 57 rzadkich wariantów zmieniających białko, w tym 35 wariantów z częstotliwością odczytu alleli naprzemiennie wyższą niż 40% i 22 warianty z częstotliwością odczytu alleli z naprzemiennością 40 % lub niżej. Wszystkie 35 wariantów z częstotliwością odczytu alleli alternatywnych wyższą niż 40% zostało zatwierdzone przy użyciu sekwencjonowania Sanger; 19 z tych wariantów spełniało kryteria patogeniczności, a zostało zaklasyfikowane jako wariant o niepewnym znaczeniu (tabele S3 do S7 w Dodatku uzupełniającym). Spośród 5 wariantów o częstotliwości odczytu od 30 do 40% na podstawie allelu alternatywnego 2 zostało potwierdzone sekwencją Sangera. Jeden, u osoby z okołokomorową heterotopią guzkową (uczestnik PH-16001), spełniał kryteria patogeniczności, podczas gdy drugi, u osoby z pachygrią (uczestnik PAC-1701), został sklasyfikowany jako wariant o niepewnym znaczeniu. Wyniki subklonowania sugerują, że mutacją w uczestniku PH-16001 była mozaika (tabela S9 w dodatkowym dodatku), a wariant w uczestniku PAC-1701 był zarodkowy. Z 17 wariantów z częstotliwością odczytu alleli alternatywnych poniżej 30%, 4 zostały sprawdzone z sekwencjonowaniem Sangera
[patrz też: łączenie pokarmów, odbudowa zęba na wkładzie z włókna szklanego, poradnia psychologiczna katowice ]

Powiązane tematy z artykułem: łączenie pokarmów odbudowa zęba na wkładzie z włókna szklanego poradnia psychologiczna katowice