Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 9

Dane sugerują, że podgrupa osób z mutacjami somatycznymi wpływającymi na mózg ma mutację na wykrywalnych poziomach we krwi, w zaledwie 5% odczytów DNA, co odpowiada mutacji heterozygotycznej w 10% komórek. Jednak 63% mutacji mozaikowych wykrytych za pomocą sekwencjonowania nowej generacji było niewykrywalnych przy bezpośrednim sekwencjonowaniu Sangera, co sugeruje, że wykrywanie wymaga wysokiej sekwencji pokrycia zapewnianej przez panele następnej generacji (idealnie 500 ×, wytwarzające naprzemienny zakres alleli > 20 ×, zakładając, że allel jest obecny w co najmniej 10% komórek), ponieważ sekwencjonowanie kliniczne lub konwencjonalne sekwencjonowanie całego egzomu zazwyczaj obejmuje pokrycie 40 do 80 x. Po wcześniejszym stwierdzeniu, że sekwencjonowanie Sanger ma próg wykrywania w przybliżeniu od 15 do 20%. [14] Obserwowaliśmy, że mutacje mozaiki obecne na wyższych poziomach (od 60 do 70% komórek) miały tendencję do przypominania wariantów linii płciowej, gdy zastosowano sekwencjonowanie Sanger. Dlatego wydaje się, że chemia Sangera ma ograniczenia po obu stronach spektrum wykrywalności: jest niewrażliwa na niski poziom mozaikowatości i źle interpretuje wysoki poziom mozaiki jako konstytutywny. Nie sprawdziliśmy funkcjonalnie wszystkich mutacji w linii płciowej i somatycznej, ale nasze kryteria patogenności były konserwatywne. Spośród 27 wykrytych mutacji, 12 zostało zgłoszonych jako patogenne (Tabela S11 w Uzupełniającym Dodatku), a kolejne 10 było funkcjonalnie zerowymi mutacjami (przesunięcie ramki odczytu, istotne miejsce splicingu lub bzdura) w genach uprzednio ustalonych w celu spowodowania wad rozwojowych mózgu po zmutowaniu . W przypadku pozostałych 5 mutacji kilka linii dowodów silnie wspiera patogenność. Najpierw wystąpiły w genie, o którym wcześniej wspominano. Po drugie, były bardzo rzadkie lub nieobecne w bazach danych kontrolnych. Po trzecie, przewidywano, że oprogramowanie przewidujące in silico jest patogenne. Po czwarte, wszystkie mutacje wpłynęły na wysoce konserwowane reszty aminokwasowe w odpowiednich białkach. Po piąte, zaobserwowano wysoki zasięg w obrębie tych mutacji i zostały one zweryfikowane przy użyciu albo sekwencjonowania SBC albo subklonowania Sanger, a następnie sekwencjonowania kolonii. Ostatnie, szkodliwe mutacje były silnie skorelowane z fenotypem, tak że na przykład szkodliwe mutacje w DCX były powszechne wśród pacjentów z chorobami wywoływanymi przez DCX, ale nieobecnymi u innych pacjentów. Podobnie, szkodliwe mutacje w LIS1, TUBA1A, FLNA, AKT3 i PIK3CA były widoczne tylko u osób z fenotypem specyficznym dla genu, który wspierał role przyczynowe dla tych mutacji.
Zidentyfikowaliśmy nowe mutacje w linii germinalnej w DYNC1H1 i KIF5C, a także w KIF7, KIF1A i KIF26A. DYNC1H1 jest zaangażowany w polimymrogriię 21, chociaż nasi czterej uczestnicy z mutacjami DYNC1H1 mieli piorygrenię dominującą w kierunku tylnym21. Polimikrogyria charakteryzuje się wieloma małymi żyroskopami 22, podczas gdy pachygyria ( few gyri ) i lissencephaly ( gładki mózg ) charakteryzują się mniej gyri
[przypisy: acetazolamid, promazyna, benfotiamina ]

Powiązane tematy z artykułem: acetazolamid benfotiamina promazyna