Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 7

Korzystając z panelu genów 1, wykryto mutacje u 30% osób z zespołem podwójnej kory mózgowej; 20% mutacji stanowiły mozaiki. Znana powtarzająca się mutacja DCX (R186C) występowała w linii płciowej u uczestnika DC-601 i była somatyczna w uczestniku DC-4601. Zgodnie z oczekiwaniami, mutacja w linii płciowej była związana z grubym pasmem heterotopii zarówno z przodu, jak iz tyłu, podczas gdy mutacja mozaiki, z częstotliwością odczytu allelu alternatywnego około 5% (około 10% zmutowanych komórek), była związana z łagodniejszym fenotypem, ze znacznie cieńszym pasmem heterotopii ograniczonym głównie do odcinków przednich (ryc. S5 oraz tabele S3 i S4 w dodatku uzupełniającym). Wśród osób z polimikrogrią z megalencefalią nie wykryliśmy żadnych wariantów mozaiki, ale wykryliśmy znane patogenne warianty linii zarodowych w dwóch (10%) z nich: AKT3 (R465W) i PIK3CA (A1035V). Wykryliśmy patogenne mutacje w FLNA u ośmiu osób z okołokomorową heterotopią guzkową (13%): siedem mutacji było zarodkowych, a jedna była mozaiką (S1449fs w uczestniku PH-16001, częstotliwość odczytu alleli naprzemiennych, 35%). Ryc. Read more „Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 7”

Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 6

Wszystkie mutacje można łatwo zwalidować za pomocą subklonowania. Chociaż warianty somatyczne obecne na wysokich częstotliwościach alleli były łatwo wykrywane przy użyciu sekwencjonowania Sangera, udział zmutowanego allelu był zawyżony, do tego stopnia, że interpretowano je jako mutacje w linii płciowej (figura 2D i fig. S4 w dodatkowym dodatku) . Osiem zidentyfikowanych mutacji mozaikowych wykazuje bardzo mocne dowody patogenności (tabele S10 i S11 w dodatkowym dodatku). Trzy zostały zgłoszone wcześniej, przewiduje się, że wynikiem będzie niekonserwatywna substytucja missense reszty aminokwasowej, która jest mutantem u innych pacjentów, trzy są przewidywane jako zerowe allele (jeden nonsens, jedno splicing i jedno przesunięcie ramki odczytu), a jeden jest mutacja missense w LIS1; sekwencja aminokwasów LIS1 jest wysoce konserwatywna i praktycznie identyczna między myszą a człowiekiem. Przewidywana proporcja komórek krwi niosących mutację (Tabela 1) została obliczona poprzez podwojenie częstości odczytu naprzemiennego allelu dla heterozygotycznych autosomalnych mutacji u obu płci i dla mutacji związanych z X u samic. W przypadku mutacji w genach związanych z X u samców przewidywana zawartość procentowa zmutowanych komórek była równa częstotliwości odczytu alleli alternatywnych. Read more „Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 6”

Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 5

Spośród 4 wariantów, 2 były chorobotwórcze (w uczestniku DC-2801, z zespołem podwójnej kory mózgowej i uczestniku PAC-902, z pachygrią), a 2 zostały odziedziczone (w uczestniku BFP-801, z pachygrią i uczestniku PH- 23901, z okołokomorową heterotopią guzkową); jeden z odziedziczonych wariantów został zaklasyfikowany jako wariant o niepewnym znaczeniu, a drugi został sklasyfikowany jako łagodny. Z pozostałych 13 wariantów o częstotliwości odczytu alleli alternatywnych mniejszej niż 30%, 5 zostało potwierdzonych za pomocą subklonowania (tabela i tabele S3, S4 i S9 w dodatkowym dodatku). To, czy walidacja zakończyła się sukcesem, było przewidywalne w zależności od stopnia pokrycia: warianty o zasięgu co najmniej 100 ×, szczególnie warianty mozaiki, były bardziej wiarygodne (rysunek 1A), a warianty linii zarodkowej i mozaiki o zasięgu 20 × lub mniej i 60 × lub mniej, prawdopodobnie, były błędami w sekwencjonowaniu nowej generacji (rys. 1A i 1B). Rysunek 2. Rysunek 2. Wykrywanie wariantów za pomocą NGS i Sanger Sequencing. Read more „Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 5”

Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 4

Warianty wykryte na głębokości większej niż 100 × były bardziej prawdopodobne, że zostaną zatwierdzone. Warianty wykryte na głębokości mniejszej niż 60x (różowa zacieniona powierzchnia) były mniej prawdopodobne, aby zostały zatwierdzone niż te wykryte na głębokości większej niż 60x. Dotyczyło to zwłaszcza wariantów mozaiki. Panel C pokazuje proporcje wariantów mozaiki wykrytych przez sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), która była podobna do tej wykrywanej przez subklonowanie. Gdy zastosowano sekwencjonowanie Sanger, warianty mozaikowe o częstotliwościach alleli poniżej 17% (u uczestników DC-4601, DC-4401, DC-401 i DC-5103, z których wszyscy mieli zespół podwójnej kory mózgowej) nie zostały wykryte, i mutacje obecne na wysokich częstotliwościach alleli (około 35% w uczestniku PH-16001, który miał okołokomorową heterotopię guzkową, i około 23% w uczestniku PAC-902, który miał pachygyrię) przypominały mutacje w linii germinalnej. Wariant mozaikowy uczestnika DC-2101 został pominięty w początkowej analizie i został wykryty jako mały pik tylko przy bezpośrednim badaniu chromatogramu Sanger. Dzięki zastosowaniu ukierunkowanego sekwencjonowania nowej generacji udało się z powodzeniem zidentyfikować wszystkie warianty w próbkach kontroli pozytywnej i wykryć mutacje somatyczne o częstotliwościach alleli 1% lub wyższych, gdy głębokość odczytu wynosiła co najmniej 1000 × (rys. Read more „Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 4”

Ambulatoryjna kontrola glikemiczna z bioniczną trzustką w cukrzycy typu 1 AD 3

Algorytm sterowania otrzymywał ciągłe dane monitorowania glukozy i zarządzał dawkowaniem co 5 minut. System został zainicjowany przy użyciu wyłącznie masy pacjenta; do algorytmu nie podawano informacji o zwykłym schemacie dawkowania insuliny, który automatycznie dostosowywał dawkowanie insuliny w Internecie. Podczas pracy nie wprowadzono żadnych danych wejściowych innych niż powiadomienia o posiłkach i ciągła kalibracja monitorowania glukozy. Jeśli czujnik ciągłego monitorowania glukozy nie był w stanie spełnić oczekiwań, bioniczna trzustka automatycznie dostarczała insulinę podstawową na podstawie wymagań określonych przez algorytm kontrolny w tym czasie w poprzednich dniach i wydała automatyczne dawki korekty insuliny lub glukagonu w odpowiedzi na ręcznie wprowadzoną glukozę w osoczu. poziom ustalony na podstawie pomiaru palca (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Jeśli wystąpił problem techniczny (np. Nieudany czujnik lub zestaw infuzyjny), system automatycznie regulował wzrost glukozy po rozwiązaniu problemu. Read more „Ambulatoryjna kontrola glikemiczna z bioniczną trzustką w cukrzycy typu 1 AD 3”

Ambulatoryjna kontrola glikemiczna z bioniczną trzustką w cukrzycy typu 1 AD 2

Testy regulacji glikemicznej trwające dzień lub dłużej przy użyciu takich systemów zostały ograniczone do ściśle regulowanych ustawień szpitalnych. W badaniach szpitalnych trwających 48 godzin, stwierdziliśmy, że pojedynczy system kontroli bhormonalnej, inicjowany tylko wagą pacjenta, może automatycznie dostosować dawkowanie insuliny, aby zaspokoić szeroki zakres zapotrzebowania na insulinę i skutecznie regulować glikemię u dorosłych i nastolatków z cukrzycą typu 1.23,25 Jednak otoczenie ambulatoryjne jest trudniejsze, ponieważ duże różnice w posiłkach i poziomach aktywności wpływają na zapotrzebowanie na insulinę i zwiększać ryzyko hipoglikemii. Wcześniejsze badania ambulatoryjne pojedynczych hormonów ograniczały się do okresu bez posiłków i ćwiczeń.26,27 Poniżej przedstawiamy wyniki dwóch 5-dniowych badań, z których jedna dotyczy osób dorosłych i jednej z udziałem młodzieży, w której przetestowaliśmy autonomiczną, nadającą się do noszenia, bioformonalną, bioniczną trzustkę w dwóch różnych warunkach ambulatoryjnych. Badania te w minimalnym stopniu ograniczyły zachowania pacjentów, ale pozwoliły na ścisłą obserwację w celu ograniczenia ryzyka i gromadzenia danych o dużej gęstości.
Metody
Badaj pacjentów
Wszyscy pacjenci mieli co najmniej roczną historię cukrzycy typu i byli poddawani terapii pompą insulinową. Dorośli (w badaniu Beacon Hill) mieli co najmniej 21 lat; młodzież (w badaniu Summer Camp Study) była wczasowiczami lub doradcami w wieku od 12 do 21 lat. Inne kryteria kwalifikowalności podano w Dodatku uzupełniającym, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie. Read more „Ambulatoryjna kontrola glikemiczna z bioniczną trzustką w cukrzycy typu 1 AD 2”

Ambulatoryjna kontrola glikemiczna z bioniczną trzustką w cukrzycy typu 1

Bezpieczeństwo i skuteczność zautomatyzowanego zarządzania glikemią nie były testowane w badaniach wieloosobowych w warunkach nieograniczonego leczenia ambulatoryjnego. Metody
W dwóch randomizowanych badaniach krzyżowych z podobnymi, lecz odrębnymi projektami, porównaliśmy kontrolę glikemii z nadającą się do noszenia, bihormonalną, zautomatyzowaną, bioniczną trzustką (okres bioniczny-trzustkowy) z kontrolą glikemiczną za pomocą pompy insulinowej (okres kontrolny) przez 5 dni. u 20 dorosłych i 32 nastolatków z cukrzycą typu 1. Algorytm automatycznej adaptacji bionicznej trzustki otrzymał dane z ciągłego monitora glukozy kontrolującego podskórne podawanie insuliny i glukagonu.
Wyniki
Wśród dorosłych średni poziom glukozy w osoczu w pięciodniowym okresie bioniczno-trzustkowym wynosił 138 mg na decylitr (7,7 mmol na litr), a średni procent czasu przy niskim poziomie glukozy (<70 mg na decylitr [3,9 mmol] na litr]) wynosiło 4,8%. Po dniu automatycznej adaptacji przez bioniczną trzustkę średni (. SD) poziom glukozy w ciągłym monitorowaniu był niższy niż średni poziom podczas okresu kontrolnego (133 . Read more „Ambulatoryjna kontrola glikemiczna z bioniczną trzustką w cukrzycy typu 1”

Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 10

DYNC1H1 tworzy kompleks z białkiem LIS1, a fenotyp mutanta DYNC1H1 jest niezwykle podobny do fenotypu zmutowanego LIS1 w swojej tylnej dominacji. Chociaż skupiliśmy się na identyfikacji mutacji somatycznych, które mają wpływ na mózg, ale są one wykrywalne na niskim poziomie w komórkach krwi, niektóre ważne mutacje somatyczne wpływające na mózg wydają się być całkowicie niewykrywalne we krwi. Tetrasomia mozaikowata 12p w zespole Pallister-Killian jest zwykle niewykrywalna we krwi, ale jest łatwo wykrywalna w fibroblastach skóry i wymazach z policzków.23 Niedawno donoszono o mutacji punktowej AKT3 i 1-krotnym zwiększeniu liczby kopii chromosomu związanym z hemimegalencefalią, ale nie mogliśmy wykryć te mutacje we krwi.7 Korzystając z naszego panelu, wykryliśmy mutację AKT3 w DNA z mózgu, ale nie z krwi, pomimo ponad 3000-krotnego pokrycia genu AKT3 z DNA krwi (dane nie pokazane). Identyfikacja niektórych wysoce toksycznych mutacji może ostatecznie być możliwa tylko w dotkniętych tkankach. W ostatnich badaniach mozaikę somatyczną zidentyfikowano u 23% pacjentów z zespołem Cornelia de Lange, analizując DNA z wymazu z jamy ustnej.24 Obecność mutacji mozaikowych potwierdzono DNA ze śliny i wymazów z policzków od jednego z uczestników naszego badania ( Uczestnik DC-401, który miał zespół podwójnej kory mózgowej) i wyższy odsetek zmutowanego allelu był obecny w wymazie policzkowym niż we krwi (Tabela S10 w Dodatku Uzupełniającym); jednak dalsze badania są wymagane w celu określenia rozmieszczenia wariantów somatycznych między krwią, skórą, śliną i mózgiem.
Sekwencjonowanie całego egzomu ma ważne miejsce w ocenie zaburzeń neurorozwojowych, 25,26, ale może on ominąć warianty somatyczne, jeśli odczytana głębokość lub częstotliwość odczytu alleli alternatywnych jest niska, o czym świadczy fakt, że w naszym badaniu mutacja TUBB2B zostało pominięte przy użyciu sekwencjonowania całego egzema u jednego uczestnika z pachygrią. Dopóki sekwencjonowanie całego egzema z bardzo dużym zasięgiem nie jest rutynowo dostępne, panele genów pozwalają na większą głębokość pokrycia i opłacalne wykrywanie wariantów somatycznych.27 Przyszłe zastosowania paneli sekwencyjnych mogą pozwolić na pomyślne przesłuchanie innych zaburzeń o znanym mozaiźmie i zapewnić zrozumienie innych zaburzeń z wysokim odsetkiem mutacji de novo, takich jak zaburzenia ze spektrum autyzmu i inne zaburzenia neuropsychiatryczne. Read more „Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 10”

Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 9

Dane sugerują, że podgrupa osób z mutacjami somatycznymi wpływającymi na mózg ma mutację na wykrywalnych poziomach we krwi, w zaledwie 5% odczytów DNA, co odpowiada mutacji heterozygotycznej w 10% komórek. Jednak 63% mutacji mozaikowych wykrytych za pomocą sekwencjonowania nowej generacji było niewykrywalnych przy bezpośrednim sekwencjonowaniu Sangera, co sugeruje, że wykrywanie wymaga wysokiej sekwencji pokrycia zapewnianej przez panele następnej generacji (idealnie 500 ×, wytwarzające naprzemienny zakres alleli > 20 ×, zakładając, że allel jest obecny w co najmniej 10% komórek), ponieważ sekwencjonowanie kliniczne lub konwencjonalne sekwencjonowanie całego egzomu zazwyczaj obejmuje pokrycie 40 do 80 x. Po wcześniejszym stwierdzeniu, że sekwencjonowanie Sanger ma próg wykrywania w przybliżeniu od 15 do 20%. [14] Obserwowaliśmy, że mutacje mozaiki obecne na wyższych poziomach (od 60 do 70% komórek) miały tendencję do przypominania wariantów linii płciowej, gdy zastosowano sekwencjonowanie Sanger. Dlatego wydaje się, że chemia Sangera ma ograniczenia po obu stronach spektrum wykrywalności: jest niewrażliwa na niski poziom mozaikowatości i źle interpretuje wysoki poziom mozaiki jako konstytutywny. Nie sprawdziliśmy funkcjonalnie wszystkich mutacji w linii płciowej i somatycznej, ale nasze kryteria patogenności były konserwatywne. Spośród 27 wykrytych mutacji, 12 zostało zgłoszonych jako patogenne (Tabela S11 w Uzupełniającym Dodatku), a kolejne 10 było funkcjonalnie zerowymi mutacjami (przesunięcie ramki odczytu, istotne miejsce splicingu lub bzdura) w genach uprzednio ustalonych w celu spowodowania wad rozwojowych mózgu po zmutowaniu . Read more „Mutacje somatyczne w mózgowych malformacjach korowych AD 9”

Wprowadzenie glutenu, statusu HLA i ryzyka wystąpienia celiakii u dzieci AD 5

Krzywe Kaplana-Meiera wykreślono dla pierwszorzędowego punktu końcowego (tj. Ryzyko celiakii w zależności od wieku i grupy badanej) i drugorzędowego punktu końcowego (tj. Ryzyko celiakii według grupy eksperymentalnej w pojedynczej z góry określonej podgrupie zainteresowania [dzieci z genotypami wysokiego ryzyka HLA]). Różnice między tymi krzywymi oceniono za pomocą testów log-rank i modeli proporcjonalnego zagrożenia. Wszystkie różnice uznano za statystycznie istotne na poziomie 5% prawdopodobieństwa, a wszystkie podane wartości P są dwustronne. Modele ryzyka opracowano z wykorzystaniem indukcji drzewa decyzyjnego z zapisów szkoleniowych oznaczonych klasą (tj. Zestaw szkoleniowy składał się z zapisów, w których jednym z atrybutów była etykieta klasy [lub zmienna zależna], a pozostałe atrybuty były zmiennymi predykcyjnymi; poszczególne rekordy są krotkami, dla których znana jest etykieta klasy), jak opisano wcześniej.17,21 Analiza statystyczna została przeprowadzona przy użyciu narzędzi do analizy przeżycia i analizy partycji rekurencyjnej w systemie R. Read more „Wprowadzenie glutenu, statusu HLA i ryzyka wystąpienia celiakii u dzieci AD 5”